指定自立支援医療機関の指定は、自立支援医療の給付水準を確保して、円滑で適正な運営をするために行われます。

指定自立支援医療機関の指定は、育成医療、更生医療、精神通院医療の各自立支援医療毎に指定されます。

厚生労働省によって策定された「指定自立支援医療機関療養担当規程(精神通院医療)」によると、精神通院医療においては、懇切丁寧な自立支援医療を行うことができる医療機関であることが、まず第一の条件となります。

また、患者やその家族の要望に応え、各種医療や福祉制度の紹介や説明、カウンセリングが行える体制が整っていなくてはなりません。

さらに、病院や診療所では、自立支援医療を行うために担当しようとする精神医療について、その診療及び治療を行うにあたり、十分な体制があり、適切な標榜科が示されている必要があります。